Le Centre Shika a trois organes: Le Comité exécutif  qui gère les affaires du Centre Shika au jour le jour;  le Conseil d’administration qui par son contrôle s’assure que  les opérations du Centre  respectent les principes de bonne gouvernance; et enfin le Directoire  composé de responsables de programme et les volontaires de Shika. Chaque membre du Centre Shika doit opérer  au sein d’un programme. Le recrutement se fait aussi sur cette base.

Une équipe centrale à la mission du centre Shika est celle des opérations et programmes.